Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 552,895 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 552,895 | 0 | A | T | 99.2% | 588.7 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 552,896 | 0 | C | G | 99.6% | 584.0 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (116/129); minor base T (1/0); total (117/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 552,897 | 0 | T | A | 100.0% | 587.2 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (117/129); total (117/129) |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
GAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCACTTTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGGCTCGTACTGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCGGACTGCTTAAATAATCAAAGGCATAATTCACCATGGCTTTATCACGCAACGTCGTTTTCTTGGGTTGGCTAATACAGGTAATTGCTGCAACTATAAAAATTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATGCACTTAAGGGATTATTAACAAATGAATAAGGAAGAACAATATCTTCTTTTTGCGCTTTCTGCGCCCATGGA > CP042583/552615‑553174 ||| gagcatACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCGGTGAGCTTaa > 2:1888412/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |