Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 576,568 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 576,568 | 0 | A | T | 99.3% | 727.5 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 576,569 | 0 | G | C | 99.3% | 714.1 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (123/179); total (123/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 576,570 | 0 | C | G | 99.7% | 716.2 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (123/181); minor base A (0/1); total (123/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TGATTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGAGCAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGC‑GGGTATCATTACCGGTCTG‑GTTGGTGGCGCA‑GCCTATAACCGTTGG‑TCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGCAAACGCTTTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGG‑CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACG > CP042583/576288‑576847 ||| cGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCATGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGGCTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTACTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGAGTTTATTGCACAGGCGGGCGGTGCGGTTTTGGATAACCTCGCATTACTCTTCGCCATCGGGGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAACGCTGGCgcggc > 1:1967770/1‑289 (MQ=255) 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aTAAGATGAGTATTTTAGGTTTGTTCCAGCGACTCGGTAGGGAGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGGGGCGGCACTGTTGCGGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTaa < 2:1109349/289‑1 (MQ=255) aTAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTaa < 2:202642/289‑1 (MQ=255) tAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAAc > 1:1806049/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |