| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 438,050 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 438,050 | 0 | A | T | 99.4% | 370.8 / NA | 155 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (74/80); minor base C (1/0); total (75/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 438,051 | 0 | G | C | 100.0% | 367.7 / NA | 155 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (75/80); total (75/80) | |||||||||||
| * | CP042583 | 438,052 | 0 | T | A | 100.0% | 373.4 / NA | 155 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (75/80); total (75/80) | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GGGCTTCAAAATCGCTCTGCACCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTAGTGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATAGCATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCAACGCGGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTAGCGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCT > CP042583/437775‑438329 ||| gggCTTCAAAATCGCTCTGCACCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAaat < 1:2785255/289‑1 (MQ=255) ggCTTCAAAATCGCTCTGCACCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGTTATCAAAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAATCAGCCAAAGATGTTGCTCCAGTATTAAAaata > 2:2000514/1‑289 (MQ=255) ggCTTCAAAATCGCTCTGCACCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAaata > 2:922963/1‑289 (MQ=255) ggCTTCAAAATCGCTCTGCACCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAaata > 1:2013041/1‑289 (MQ=255) aaaaTCGCTCTGCACCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGCGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAAtattt < 1:1475896/289‑1 (MQ=255) aCCAGAAATGTCCCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCCCTTGCGCTTAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGACCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGt < 2:165147/289‑1 (MQ=255) aCCAGAAAGATCTCAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTg < 1:48924/288‑1 (MQ=255) 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tctcAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGc < 1:2351093/289‑1 (MQ=255) tctcAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGc < 1:1608571/289‑1 (MQ=255) tctcAACCTGGCACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGACCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGACAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATa > 1:165147/1‑287 (MQ=255) cACTGCAAAGTGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTaaaa < 1:628557/288‑1 (MQ=255) tGCGAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAGAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGc > 1:102803/1‑268 (MQ=255) gAAAGCACTTGCGCTGAACCTGCCAAACACTGCGACCTGCCAGGAGTTATTTAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTtattcgat > 2:1495529/1‑284 (MQ=255) 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tAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCaa < 2:1452882/289‑1 (MQ=255) tAATACCTGTGCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTAAAACAACGTTATTCGATACGTGAAATTAAGAGGGATTTATGGAACATCAGAGAAAACTATTCCAGCaa < 1:1974892/289‑1 (MQ=255) gtgCGGCAAACGGTGGCAGCCAGTTGGATCACTCTGCGTTAGTGCAGGCGCTGGAATTAATGGCTAACCATAAACTGGCCTGATACCCGCAATAAAAATGGCCGATATCAGAAAATGAATCGGCCAGCAATATTAAAAAAGAAAGCAGCCAAAGATGTTGCTTCAGTATTAAAAATAATATTTTTATTTTATTTGTTCCTCATAGCTAGATTaaaa < 2:2092925/216‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |