| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 614,884 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 614,884 | 0 | A | T | 99.7% | 795.8 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 614,885 | 0 | C | G | 99.4% | 786.8 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (157/170); minor base T (0/2); total (157/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 614,886 | 0 | T | A | 100.0% | 797.2 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (157/172); total (157/172) | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGACTATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAAACTAATATCAATGCGGTCGCGCATACTTTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGCCATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCGATGATGCCGCCAAAATAATACTTATTTATAATCCAGCACGTAGGTTGCGTTAGCGGTTACTTCACCTGCCGTGACATCGACTGCATTATCAATTTGTTCCATCCAGGCGAAAAAGTTCAGCGT > CP042583/614604‑615164 ||| tGCGGAATACTAATATTCAGGTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCCGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTTACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATTGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCaa < 1:2629750/289‑1 (MQ=255) aTACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGt < 2:1062166/289‑1 (MQ=255) aTACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGt < 1:2360143/289‑1 (MQ=255) tACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAACAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTc > 1:1413515/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |