| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 620,760 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 620,760 | 0 | A | T | 99.5% | 913.4 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 620,761 | 0 | G | C | 99.7% | 913.8 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (199/183); minor base T (0/1); total (199/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 620,762 | 0 | C | G | 100.0% | 925.5 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (199/184); total (199/184) | |||||||||||
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
GGCATTCCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTAGTATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGAGCTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTAGCGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTAGTACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGC > CP042583/620477‑621040 ||| ttCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCaa < 1:2317793/289‑1 (MQ=255) actAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATggt > 1:2705712/1‑289 (MQ=255) tGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTc > 1:2481827/1‑289 (MQ=255) ggAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGcc < 1:96113/289‑1 (MQ=255) 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tCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTtggtg < 1:1021096/289‑1 (MQ=255) gATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGAc > 1:369381/1‑289 (MQ=255) gATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGAc > 1:84483/1‑289 (MQ=255) 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gatgatGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCt < 2:1411423/289‑1 (MQ=255) atgatgCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCTAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTa > 1:1115909/1‑289 (MQ=255) gCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGcc < 1:1247671/218‑1 (MQ=255) 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GGCATTCCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTAGTATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGAGCTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑‑CCCCGATTAGCGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTAGTACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGC > CP042583/620477‑621040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |