Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 630,204 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 630,204 | 0 | A | T | 99.3% | 709.3 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (144/155); total (146/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 630,205 | 0 | G | C | 99.7% | 719.8 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (146/157); minor base T (0/1); total (146/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 630,206 | 0 | C | G | 100.0% | 723.3 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (146/158); total (146/158) |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
CGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACAGCCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGAGTGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCATTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTAGCGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAG > CP042583/629927‑630480 ||| cgcgGCCTATACGCCCTATTCTCTGGCCGATAACCCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGGCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGcc < 2:270447/289‑1 (MQ=255) 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ctcGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTgtcagg < 1:1189226/215‑6 (MQ=255) ctcGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCATTCTCGGTTTTAtgtg < 1:3099359/257‑1 (MQ=255) ggTCGTTGGGGGATTGATAGCCGGTTACTTGCTTCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCATTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTa < 2:2513192/288‑1 (MQ=255) 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aTTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCATTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCt < 2:3298099/288‑1 (MQ=255) aTAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGcc < 1:2060875/171‑1 (MQ=255) aTAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGcc > 2:2060875/1‑171 (MQ=255) aTAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGTCAGGAAGTAAcg < 1:2572047/199‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |