Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 635,681 | 6 bp→TCGTCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 635,681 | 0 | A | T | 99.6% | 536.5 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 635,682 | 0 | G | C | 100.0% | 537.9 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (93/135); total (93/135) | |||||||||||
* | CP042583 | 635,683 | 0 | C | G | 99.6% | 542.1 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (92/135); total (93/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 635,684 | 0 | A | T | 100.0% | 545.9 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (93/135); total (93/135) | |||||||||||
* | CP042583 | 635,685 | 0 | G | C | 100.0% | 545.9 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (93/135); total (93/135) | |||||||||||
* | CP042583 | 635,686 | 0 | T | A | 99.6% | 537.1 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (93/134); minor base G (0/1); total (93/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GGCAACCAAAGACTCCATCCCGCGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACAGCAGTCTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCAGTATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGCCTCGGCCCAAGCAGCCTGAAAACCGGTCGCTATCACTTTGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTC > CP042583/635413‑635947 |||||| tgggggcagggACTCCATCCCGCGTGTAGGGGCGCTGTACTTTTCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTGCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCGTCACTGACCGCAGGCGAt < 2:2970805/279‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |