| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 636,572 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 636,572 | 0 | A | T | 99.1% | 1065.5 / NA | 445 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (229/212); minor base G (1/3); total (230/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 636,573 | 0 | G | C | 99.6% | 1051.9 / NA | 445 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (228/215); total (230/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 636,574 | 0 | C | G | 99.8% | 1059.6 / NA | 444 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (228/215); total (229/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 445 total aligned reads displayed.
CGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAAAGCACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCACTGAATAAAGAAGTGGTTCGTGAAGCTGGCGCATGGCTGGTTAACTTCAACAACACGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACA > CP042583/636289‑636853 ||| ccTGTTTCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGAc < 1:2622393/289‑1 (MQ=255) ggtgCGTACCGTTCAAGTTTGATGATGAGCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACg < 2:1793922/285‑1 (MQ=255) gCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCa < 1:822827/287‑1 (MQ=255) tACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGTGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGcc > 1:2779600/1‑287 (MQ=255) atgaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCACt > 1:1143087/1‑283 (MQ=255) atCTGCGTCTGTACTACCCCGGTAACTTCTTCCTGTTGCTTAACCCGTGCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGTTCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTa < 2:1897509/270‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa < 1:2158083/268‑1 (MQ=255) 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gTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa < 1:241689/254‑1 (MQ=255) gTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa > 2:32007/1‑254 (MQ=255) gTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa > 2:241689/1‑254 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |