Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 625,573 | A→G | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 625,573 | 0 | A | G | 99.5% | 959.7 / NA | 402 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (199/199); minor base T (1/1); total (201/201) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 406 total aligned reads displayed.
ACCGTTGAAGATCTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAATAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGGGACCACCAATGTAGGTCGGATAAGGCGCAAGCGCCGCATCCGACAAGCGATGCCTGATGTGACGTTTAACGTGTCTTATCAGGCCTACGGGTGACCGACAATGCCCGGAAGCGATACGAAATATTCGGTCTACGGTTTAAAAGATAACGATTACTGAAGGATGGACAGAACACATGAACTTACA > CP042583/625289‑625858 | gAAGATCTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCACCCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAACGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGt < 1:1149315/289‑1 (MQ=255) cTGACCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCa > 1:1724078/1‑287 (MQ=255) tgccGGTGTTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTg < 2:1164353/287‑1 (MQ=255) aCCGGTGGTAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTg > 2:1130374/1‑288 (MQ=255) tggtAACTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCAGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTTATCGATGGTCCCGAACCCGTGGGGCTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCGGCTGGACGGGAATTAGTTTAAGTTTTACAGTCACTGt > 2:1353376/1‑289 (MQ=255) aaCTTCACCATCACGAGCGGTGGTGGGTTCGGTTCCCTAATGGCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGGGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGAc < 2:523961/289‑1 (MQ=255) aaCTTCACCATCACCAACGGTTGTGTGTTCGTTTCCCTGCTGTCTACGCCTATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCt < 2:936528/278‑1 (MQ=255) aaCTTCACCATCACCAACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGAc < 1:2404134/289‑1 (MQ=255) tcaccatcaccaACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGa < 1:3131199/289‑1 (MQ=255) tccatcaccaACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATa > 2:2026351/2‑289 (MQ=255) accatcaccaACGGTGGTGTGTTCGGTTCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATa > 1:1351349/1‑289 (MQ=255) ttCCCTGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGt < 2:865560/239‑1 (MQ=255) tGATGTCTACGCCGATCATCAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCgg < 2:802308/279‑1 (MQ=255) 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atcatcAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTTTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGGTAAGGCATTATCGCCGTCTCCGGCAATTTAAGCCTGATGCGAcccct > 2:1524258/1‑285 (MQ=255) atcatcAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTg > 1:1448410/1‑289 (MQ=255) atcatcAACCCGCCGCAGAGCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTg > 2:1975547/1‑289 (MQ=255) 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ccggAGAGAGGAATTCTGAGTATGACCGCTAGCAAAGATCGTCCGAGGGCGGTGACTGGTCAGGTGGAGCTCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGAATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTAt < 2:1455168/288‑1 (MQ=255) agagCGCAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAgg < 1:3169922/288‑1 (MQ=255) cgcAATTCTGGGTATGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGt > 2:3159642/1‑200 (MQ=255) 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aTGCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCACTGTAGACCGGATAAGGCATTATCGCCTTCTCCGGCAATTGAAGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGGGACCACCAATg < 1:2303986/289‑1 (MQ=255) gCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCAc > 1:2389780/1‑190 (MQ=255) gCACGCTATCAAAGATCGTCCGATGGCGGTGAATGGTCAGGTTGAGATCCTGCCGATGATGTACCTGGCGCTGTCCTACGATCACCGTCTGATCGATGGTCGCGAATCCGTGGGCTTCCTGGTAACGATCAAAGAGTTGCTGGAAGATCCGACGCGTCTGCTGCTGGACGTGTAGTAGTTTAAGTTTCACCTGCa > 1:424462/1‑195 (MQ=255) 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> CP042583/625289‑625858 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |