| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 663,932 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 663,932 | 0 | A | T | 99.8% | 999.5 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (212/202); total (212/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,933 | 0 | G | C | 99.5% | 978.7 / NA | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (212/202); total (212/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,934 | 0 | C | G | 99.8% | 991.4 / ‑4.0 | 416 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (212/203); minor base . (0/1); total (212/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 416 total aligned reads displayed.
GCGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTA‑ACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTAGCCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCA‑GAATTG‑ACGGCGTACCGGGTACTGCCGCACCGGTTGCGCTCACTTTCCTGAATGCCGCTGGAACCAAAACCGGAAAAGTTTTCCCGACTGATAATCAGATTGATTATTTTGACGATGTCCCGGTGACCTGTATCGATATGGCGATGCCAGTCGTCATTATTCCGGCTGAATATCTGGG > CP042583/663653‑664212 ||| ggAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTA‑ACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTAc < 1:769083/288‑1 (MQ=255) ggAACAATTACCCGAAGATCAAACGCAGGGCGATAAAATATTGATGGTTATTATGGGTTCCGGTA‑ACTATCTGGAAATTGACGGTATTGCCGGAGGTAATCCACTGTCCATTAAAGTCGCCATTATTGGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTAc < 2:2339108/288‑1 (MQ=255) cATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTA‑ACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTcgcg < 1:2705444/289‑1 (MQ=255) tttACCCGAAGATCAAACGCAGGTCGATAAAATCTTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTA‑ACGATCTGGAAATTGACGGTCTTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGcgta < 2:3151811/289‑1 (MQ=255) cccGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTA‑ACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGcgtacgta < 2:625766/289‑1 (MQ=255) aGATCAAACGCAGCACGAAAAAATATGGATGGCAATTATGGGTTCCGGTA‑ACGATCTGGAAATTGACGGTATGGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGc < 2:2532442/289‑1 (MQ=255) tgtaataTAAAAAGTTGATGGAAATTGTGGGTTCCGTTACAAGGT‑TTGAAATTGACGGTAGTGGCGGCGGTACACCACTGACCCGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACTTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATa < 2:1731906/282‑1 (MQ=255) 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gATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTA‑ACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTGCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGt < 1:2854639/288‑1 (MQ=255) tGATGGCAATTATGGGTTCCGGTA‑ACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGa > 2:2430652/1‑289 (MQ=255) aTGGCAATTATGGGTTCCGGTA‑ACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTa < 1:821052/244‑1 (MQ=255) 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ggTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTAATCGAAGATGATGTGGCAACGCCAAATGGTGTTGTCGTGGACGAGGGTAGCGCCA‑Gaa > 1:1805114/1‑289 (MQ=255) ccACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCA‑GAATTG‑ACg < 2:1184087/289‑1 (MQ=255) tGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCA‑GAATTG‑ACGGCGt > 1:620749/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |