Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 665,741 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 665,741 | 0 | A | T | 99.5% | 881.3 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 665,742 | 0 | G | C | 99.5% | 875.2 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (177/192); minor base T (2/0); total (180/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 665,743 | 0 | C | G | 99.2% | 874.2 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (175/192); total (180/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
ATTAAGAAGGTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATC‑GGCTTAAGCTCCTTATTAAGCAAAGTTAAATTCTTCGAATGGTTAGCTGAAGTCTTTAAAAATAACCTGGCATTTGATGGTCACGGTAACGTTGCTTTCTTCGTTATTATTTTCCTCAGCATTATCGTGCGTTATTTCTTCGCTTCCGGTAGTG‑CCTATATCGTTGCTATGTTACCGGTATTTGCCATGCTGGCGAACGTCTCCGGCGCACCGTTAATGTTAACCGCGCTGGCACTGTTGTTCTCCAACTCCTATGGCGGCATGGTTACTCACTATGGCGGCGCGGCAGGTCCGGTCA > CP042583/665462‑666020 ||| aTAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAACAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGTTACGGCGGTATTATC‑GGCTTGAGCTCCTTATTATCGAATGTTAAATTCTTCGaagg > 2:2040332/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |