Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 666,673 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 666,673 | 0 | A | T | 99.6% | 634.6 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 666,674 | 0 | G | C | 100.0% | 634.9 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (134/131); total (134/131) | |||||||||||
* | CP042583 | 666,675 | 0 | C | G | 99.6% | 634.1 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (133/130); total (134/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
CGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGAGTGACAGCCACAC‑CCGTTACGGTGCATTAGGGACAATGGCAGTCGGTGAGGGCGGCGGTGAGTTGGTAAAACAGCTGCTTAATGACACCTGGGATATCGACTATCCGGGCGTGGTTGCGGTGCATCTGACCGGAAAACCTGCGCCGTATGTGGGGCCACAGGATGTGGCGCTGGCT > CP042583/666393‑666954 ||| cGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGt > 1:274428/1‑289 (MQ=255) aaaaaGAAGAGGCCGAAAAATGCACTGTTGTCTGTGGTATTGTCTCTTGGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGGGTGGTTGATTAGCCTCTCGCGGTATTACCTTTGTTGCGATTGTACGGACCGGTCAATCGTCCGGAATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTGTGTGCTGACCAGCTGTCATAACGCTCTCTGCGCCGTAGGCGGCACTATGAGCGGTGATGACCATGTTTTTGGTATAGCGGCTGCCCCGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGcc < 2:780973/289‑1 (MQ=255) aagaagaagCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTcc < 1:844283/289‑1 (MQ=255) gCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACTCACTCTGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTATCGGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAatata < 1:2990452/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |