Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 670,288 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 670,288 | 0 | G | C | 99.0% | 667.0 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 670,289 | 0 | C | G | 100.0% | 692.5 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (152/136); total (152/136) | |||||||||||
* | CP042583 | 670,290 | 0 | T | A | 99.7% | 686.3 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (152/133); total (152/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CGCGGTTTGATCAGAAGGACGTTGATCGGGCGGGGTACTGCTACAGGCGGTCAGCGTCACGCCAAAAGCCAATGCCAGCGCCAGACGGGAAACACTAAATGTGTTCACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATGCTGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTATATCCAGCGCGTGAACGGTAAAAATGTAGCGATGAGTTTCGCCTTTCGGCGGTGCTGCGCCATCGTACCCGGTTTTACCAAAGTCGGTACGCGTCTGCAAAACGCCGTCTGGCATTGCTACCAGACCAGAGCCAAACCCTTGCGGTAATACGCGGGTATCAGCGGGTAAGTTAACAACTACCCAGTGCCACCAGCCGG > CP042583/670008‑670568 ||| cgcgGTTTGATCAGAAGGACGTTGATCGGGCGGGGTTGAGCTACAGGCGGTCAGCGTCACGCCAAAAGCCAATGCCAGCGCCAGACGGGAAACTGAAAATGTGTTCACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCt > 2:207297/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |