| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 460,269 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 460,269 | 0 | A | T | 100.0% | 965.1 / NA | 398 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 460,270 | 0 | G | C | 99.5% | 949.7 / NA | 398 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (210/186); minor base T (2/0); total (212/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 460,271 | 0 | T | A | 99.5% | 963.1 / NA | 398 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (212/184); minor base C (0/2); total (212/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 398 total aligned reads displayed.
AAGTCCTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTGGGGAATGCTATGGCTGCACCCAGAGTTAATAGTCAAATTCCCTTACCCAGTGGAGTGCAGGGAAAGCTGAAATTTCAGACCGTTAATGATTATGGTAGTGTAACTCCGGTCAGAGAAGTGAACTTAAACTAACCGAATCATCTGACAATATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATAGTTCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCTGATTTAAGCCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGGTAGCCAGGATATCGTATTTGAAAGCACAACAGAAAATACAGGTGATAAAAGTGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAAT > CP042583/459989‑460547 ||| atcaccTTTTTATGTCACCCTGGTTAACTTACAAGTGGGCAGCCAAAAGTTGGGGAATGCTATGGCTGCACCCAGAGTTAATTCACAAATTCCCTTACCCTCAGGAGTGCAGGGAAAGCTGAAATTTCAGACCGTTAATGATTATGGTTCAGTAACTCCGGTCAGAGAAGTGAACTTAAACTAACCGAATCATCTGACAATATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATTCATCTCtt > 1:1598305/5‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |