Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 460,464 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 460,464 | 0 | A | T | 99.7% | 895.1 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 460,465 | 0 | G | C | 99.7% | 890.5 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (188/185); minor base T (1/0); total (189/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 460,466 | 0 | C | G | 100.0% | 901.6 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (189/185); total (189/185) |
Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
CAATATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATAGTTCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCTGATTTAAGCCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGGTAGCCAGGATATCGTATTTGAAAGCACAACAGAAAATACAGGTGATAAAAGTGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTC > CP042583/460186‑460745 ||| cAATATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATTCATCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCTGATTTATCGCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGGTTCGCAGGATATCGTATTTGAATCGACAACAGa < 2:1854161/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |