Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 690,205 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 690,205 | 0 | G | C | 99.7% | 811.2 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 690,206 | 0 | C | G | 100.0% | 812.6 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (177/163); total (177/163) | |||||||||||
* | CP042583 | 690,207 | 0 | T | A | 99.4% | 811.9 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (176/162); minor base C (1/1); total (177/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
CTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGA‑‑CGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCGCTCTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGGCTACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTG > CP042583/689940‑690484 ||| ttCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTGCCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGA‑‑CGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAACGGCTTGCTCCCTGGTGGTATCGGGGTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTAACATCCTCCGGCGt > 2:1769455/1‑289 (MQ=255) ttCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGA‑‑CGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGt > 1:1214121/1‑289 (MQ=255) ggaaaaTCCCGGCCCGCAGCGTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACGGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGA‑‑CGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCg < 2:1399543/286‑1 (MQ=255) gTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGA‑‑CGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCCGACTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGcc > 1:3185508/1‑287 (MQ=255) 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CTGTTCCAGTAAAATCCCGACCCGCAGCTTGCTGGAGTCGAGGTTAATGCCGTAACCAAAAATAAACAGCAGTAGCAGCGGGATCACTACCGCAATCAGCCAGCTACTCGGATCGCGAACGATCTGCCGCGTCTCTTTAACGCACAGCGCCCGTACGCGA‑‑CGCCAGGACAGGATCGGGTTACTCATTGCTATGCTCCTTATCCCAGTCGTGGATCAACTGAATAAAGGCTTGCTCCATGGTGGGATCGGGTTGCTCATCGTTAGCGCTCTGTGCTTTCAAATCGTCCGGCGTGCCGCTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGGCTACAGGCCAGCGCCAGCCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTG > CP042583/689940‑690484 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |