| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 460,884 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 460,884 | 0 | A | T | 99.7% | 893.6 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 460,885 | 0 | G | C | 100.0% | 884.9 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (178/191); total (178/191) | |||||||||||
| * | CP042583 | 460,886 | 0 | T | A | 100.0% | 894.5 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (178/191); total (178/191) | |||||||||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
GAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCTGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTGCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGAGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATAGTGAACAGTGGAATAATATTGGCACCTGGGTACAGCGCGCCATTATTCCGCTGAAAAGTGAACTGGTAATGGGAGACGGCAATACAGGAAGTGATATTTTCGATGGCGTTGGATTTCGTGGTGTACGGCTTTATTCTTCTGATAATATGTATCCTGATAGCCAGCAAGGGTTTGCCCCAACGGTACGTGGGATTGCCCGTACGGCGGCCCAGCTAACGATTCGGCAAAATGGTTTTATTATCTATCAAAGCTATGTTTCCCCCGGCGCTTTTGAAATTA > CP042583/460604‑461163 ||| gAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCAGCGATGCGCCTGAACATCACTATTCCTCAGATAGCGTTGTTGAGTAGCGCTCACGGTTACATTCCGCCCGAAGAGTGGGATGAAGGTATTCCTTCTTTACTCCTGAATTATAATTTCACCGGTAACAGAGGTAATGGTAACGATAGCTATTTTTTTAGTGCGCTCAGCGGGATTAATATTGGCCCGTGGCGTTTACGCAACAATGGTTCCTGGAACTATTTTCGCGGAAATGGATATCATTCAGAACAg < 1:2939950/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |