| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 697,740 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 697,740 | 0 | A | T | 99.7% | 840.3 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (178/172); minor base C (1/0); total (179/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 697,741 | 0 | G | C | 99.7% | 839.5 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (179/170); total (179/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 697,742 | 0 | T | A | 99.2% | 836.8 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (176/172); minor base C (3/0); total (179/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
ATTGTTATTCCCCGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCA > CP042583/697461‑698021 ||| cGGATGCGCGTTGAGCCTTCCATCGACAACGAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGAtt > 2:1138736/1‑289 (MQ=255) 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gAAGAGCAGCATATTGCCGAAATGGCGGCCTTTTGCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGAt < 2:2365562/270‑1 (MQ=255) gAAATGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTc < 1:2468849/289‑1 (MQ=255) aaaTGGCGGCCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGa > 1:1241248/1‑243 (MQ=255) 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ggcCTTTTTCCGTAAGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCAt > 1:1170136/1‑288 (MQ=255) aaGCAGGTGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCggtg < 1:828352/288‑1 (MQ=255) tGGAGAGCAAAAAACATCTCGGTATGTTGGTACTGTTTGCCAGCGGACGGGCGATGCAGCGCTTTCTCGACTATGTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGAt < 2:1345920/286‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |