| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 699,911 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 699,911 | 0 | A | T | 99.1% | 536.2 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (109/117); minor base G (2/0); total (112/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 699,912 | 0 | G | C | 99.6% | 532.4 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (111/117); total (112/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 699,913 | 0 | C | G | 98.2% | 524.1 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (108/117); total (112/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCGGCGGTAATGCAGGAGAGCCCGTTGGGTAGCCTGTTGACCTTTGCCGAACATAAAGGCTACGCCCTTGCAGCGATGTGTGAAATTCTTGGCGGGGCGCTTTCCGGCGGTAAAACGACGCATCAGGAAACGTTACAAACCAGTCCCGATGCCATTCTTAACTGCATGACCACTATCATCATCAACCCGGAACTCTTCGGCGCGCCGGATTGTAACGCGCAGACCGAAGCCTTTGCCGAGTGGGTGAAAGCCAGCCCGCATGATGATGATAAGCCGATTTTGCTACCGGGCGAGTGGGA > CP042583/699635‑700191 ||| tgtgCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCGGCGGTAATTCAGGAGTGCCCGTTGGGtt > 2:2000842/1‑288 (MQ=255)tgtgCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCCCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGGCCACCAATCCGGCCGGAAGGCAGGAGGCCCCGTTggg > 2:1086728/1‑287 (MQ=255) gCAGCGGCGTGGTTTGTCTCTATCCCCTCTGTTAGCGTGGTCGTTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCGGCGGTAATGCAGGAGTCGCCGTTGGGttcg < 2:751828/288‑4 (MQ=255) gCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCGGCGGTAATGCAGGAGTCGCCGTTGGGttcg < 1:2083744/288‑4 (MQ=255) 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tATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCGGCGGTAATGCAGGAGTCGCCGTTGGGTTCGCTGTTGAc > 1:175981/1‑276 (MQ=255) aTCCAATTTGTTAGCGTGGGCGGTATTCAAAAGGTCGCGCCGTTCAACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAAGCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCATAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTGGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGGCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAAGCCGGCGGTAATGCAGGAGTCGCCGTTGGGTTCGCTGTTGACCTTTGCCGAACATa < 1:2274716/289‑1 (MQ=255) tcgccTTGGTTAGTGTGGTCGTTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCGGCGGTAATGCAGGAGTCGCCGTTGGGTTCGCTGTTGACCTTTGCCGAACATaa < 2:112783/285‑1 (MQ=255) 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TGTGCAGCGGCGGGGTTTGTCTCTATCCACTTTGTTAGCGTGGTCGGTATTCCAATGGTCGCGCCGTTCCACGGTCGCGACAGCCGCTTTGGCACCAATCCGTTCTGTGTGGTTTTCCCTCGTAAAGATAATTTCCCGCTGTTGCTTGATTACGCCACCAGCGCCATTGCATTTGGCAAAACCCGCGTCGCCTGGCATAAAGGCGTCCCCGTGCCGCCAGGTTGCCTGATTGACGTTAACGGCGTGCCGACGACCAATCCGGCGGTAATGCAGGAGAGCCCGTTGGGTAGCCTGTTGACCTTTGCCGAACATAAAGGCTACGCCCTTGCAGCGATGTGTGAAATTCTTGGCGGGGCGCTTTCCGGCGGTAAAACGACGCATCAGGAAACGTTACAAACCAGTCCCGATGCCATTCTTAACTGCATGACCACTATCATCATCAACCCGGAACTCTTCGGCGCGCCGGATTGTAACGCGCAGACCGAAGCCTTTGCCGAGTGGGTGAAAGCCAGCCCGCATGATGATGATAAGCCGATTTTGCTACCGGGCGAGTGGGA > CP042583/699635‑700191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |