| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 703,340 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 703,340 | 0 | A | T | 99.7% | 717.8 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 703,341 | 0 | C | G | 99.3% | 701.0 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (146/151); minor base T (1/1); total (147/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 703,342 | 0 | T | A | 99.7% | 712.3 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (146/151); total (147/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAATATTTACCGCGGGTAACGTCACCGGATTAACGCCGTAGTTAGTCTGCGTTTCACGGGTAAATTCCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTGCTATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAGTATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCG > CP042583/703062‑703619 ||| tGCAGCGTATCAAAGGCGTAAATTGCGAAGGTATCCGTCTGACCATTGGCGTTTGCGCCGTTGCGCGTCAGGCCGCCGGGATGAATGCTGCTGTCAGGATGATAAATATTTACCGCGGGTAACGTCACCGGATTAACGCCGTAGTTAGTCTGCGTTTCACGGGTAAATTCCACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTcc > 1:484782/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |