Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 461,610 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 461,610 | 0 | A | T | 99.7% | 801.9 / NA | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 461,611 | 0 | G | C | 99.4% | 787.1 / NA | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (162/168); minor base A (1/1); total (163/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 461,612 | 0 | C | G | 99.7% | 786.6 / NA | 332 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (162/169); total (163/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CAGCAAAGTAGCCCTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGAGCCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAAAGCATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATAGCACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTCGAATGGAGGGGTACGAATATGATTACGACGGTGAGCATCGCGATGAACCGATAATCGTGAATTACCACAATTTACGCTTTAGCCGTAAAGACCGTTTGCAGTTAAATGTTAGTCAAAGTCTTAATGACTTTGGCAGCCTTTATATTTCTGGTACCCATCAAAAATACTGGAATACTAGCGATAGTGATACGTGGTATCAGGTGGGGTATACCAGCAGCTGGGTTGGCATCAGTTATAG > CP042583/461331‑461890 ||| caggaaccaccgcctttcctttTTCGGGGGCCGGAACTCGGCGTTTTACCACCGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACaa < 2:2412726/276‑1 (MQ=255) tctccTTTCTTTTTTCAGAGTACGGCACTCAGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGAGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCTATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTtata < 1:1996040/286‑1 (MQ=255) cgccTTTCTTTTTTCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATAc < 2:2545978/287‑1 (MQ=255) ctttctttTTTCAGGGTACGGCGCTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCt < 2:1404447/289‑1 (MQ=255) ttttttCAGGGTACGGCACTCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTtgatg < 1:1862256/289‑1 (MQ=255) ggTACGGCACACGGGGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACCCCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATGTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCg < 2:1767056/288‑1 (MQ=255) tCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACaa < 1:2645070/251‑1 (MQ=255) tCGGCGGTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCTTCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATGATGTTGCGTATCGTTGAAt > 1:1246874/1‑289 (MQ=255) cggcggTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGGGCGCAGTGTCGCTGGATGTAACGCATGCGCGCAGTCAGTTAGCCGACGCCAGTCGTCATGAGGGGGATTCTATTCGCATCCTCTATGCGAAATCGATGAACACCTTCGGCACCAATTTTCAGTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACCCTTGATTATGGTGCGTATAGTCGAATg > 2:921473/1‑289 (MQ=255) ggcggTTTACCACAGGAATTTACTGCCTACGGCGGGACGCAATTATCTGCCAATTACACCGCCTTTTTATTAGGGCTGGGGCGCAATCTCGGGAACTGGTAAGCAGTTTCGCTGGCTTTAACGCATGCGCGCGCTCAGTTAGCTGACGCCCGTCGTCATTCGGGGCGTTCTATTCGCTTCCCCTATACCCAATCGATAAACCCCTTCGGCACCAAATTTCGTTTAATGGGTTACCGCTATTCGACACAAGGTTTTTATACTGTTGACTATTTTGCGTAtcggcggttgg > 2:647986/1‑284 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |