| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 716,943 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 716,943 | 0 | A | T | 99.8% | 972.7 / ‑5.8 | 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (201/203); minor base C (0/1); total (201/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 716,944 | 0 | G | C | 99.8% | 952.4 / NA | 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (200/202); total (201/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 716,945 | 0 | C | G | 99.5% | 956.1 / NA | 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (201/201); minor base T (0/2); total (201/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
CATCATCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTAGCCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTAGCTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACGCTCCTGCTCCTGTGCTGGTGTTGTTTCCCTGGAAAGGCGATGCAATACCATACGGGGGTGCAAACACCGGAGTGGAAACCGCGGCTGGTGTGGAGTTGTCTGGGGCTGTATATCGTCTTTCTGACGGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGA > CP042583/716672‑717215 ||| catcatCACCTTAAGCGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAAtt > 2:1534566/1‑289 (MQ=255) cGGCCTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCaaaa < 2:753196/288‑1 (MQ=255) ccTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 2:1235645/1‑288 (MQ=255) cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGTTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 2:366092/1‑287 (MQ=255) cTGATGCTGCTGACCAAAGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAatat > 1:511023/1‑287 (MQ=255) aGGTGTGGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCt < 1:1235645/289‑1 (MQ=255) tgGAGTTAAGCGGTTATTTTGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTgggg < 2:2501342/277‑1 (MQ=255) 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tttGATGTGCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCGTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCTGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACAAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTa < 2:3002484/289‑1 (MQ=255) tgttgtgCTGGGGGGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGCGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTAtt < 2:2369608/286‑1 (MQ=255) tgtgCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGc < 1:3152355/288‑1 (MQ=255) gtgCTGGGGCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGccc > 1:1589459/1‑289 (MQ=255) ggCGCAAAATGGTGCGCCGCTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATgg < 2:1607936/288‑1 (MQ=255) cTTTGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATAtt > 1:249630/1‑217 (MQ=255) tGCTACGGGGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACTATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCgctggc < 1:2826928/276‑1 (MQ=255) tGCTACGGAGCGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGa > 1:2761286/1‑188 (MQ=255) tagcgAGCGTCGGCTGGCGATGTTTTTGGGGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCGTTCTGACCAACGATGCCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATAACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCt < 2:1387568/284‑1 (MQ=255) 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cGTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgctc > 2:65196/1‑288 (MQ=255) gTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgctcc < 2:511023/288‑1 (MQ=255) gTCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGATGCTGACgctcc < 1:2339437/288‑1 (MQ=255) tCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCtt > 2:715491/1‑205 (MQ=255) tCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGTTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCgctgg > 2:1182154/1‑263 (MQ=255) tCGGCTGGCGATGTTTATGGTGCTGGCGGCGGCGCTGCTTTCTACCTTTCTGACCAACGATGTCGCGCTGTTTATTGTTGTTCCGCTGACTATCACGCTAAAAAGACTGTGTGAGATCCCGGTTAATCGGCTGATTATTTTTGAGGCGCTGGCAGTCAACGCT‑GGTTCGCTACTGACGCCAATTGGCAACCCGCAAAATATTCTTATCTGGGGACGGTCTGGTCTTTCGTTTGCCGGATTTATTGCCCAAATGGCACCGCTGGCTGGCGCAATGCTGCTGCCcctcct > 2:1924971/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |