| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 736,329 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 736,329 | 0 | A | T | 99.7% | 779.1 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 736,330 | 0 | G | C | 99.7% | 773.2 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (164/160); minor base T (1/0); total (165/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 736,331 | 0 | T | A | 100.0% | 787.5 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (165/160); total (165/160) | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
AGATATTGAACGTAGCGCCCTGACATTAAAGGACAGTCTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACAGCGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTAGCCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGAGTGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCAAGCAAACGACCGTGGAGCGTGGCTAGTGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAACGAGTATCTTGATCAAATCAGCGCTAATGATGAAGTTCTATTTTTGAAACAAGGCCATGAGATCATTGCCAAGAATCAACTCGCTCGTGAAAAACTGATTATTTATAATAGCGAAGGT > CP042583/736049‑736601 ||| ttGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTTAACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTa > 1:3099668/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |