| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 463,013 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 463,014 | 0 | G | C | 99.6% | 649.5 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (130/141); total (131/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,015 | 0 | T | A | 100.0% | 660.5 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (131/142); total (131/142) | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTAGCGCAGTTTGCACACATCCTGGCAGTTAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCAGTAATATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCAGTGCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTAGCCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGG > CP042583/462737‑463295 ||| cGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCACACATCCTGGCTCATAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCTCAAATATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCTCAGCAATTTGTCCAccc > 2:2460652/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |