| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 739,069 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 739,070 | 0 | G | C | 100.0% | 862.5 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (195/166); total (195/166) | |||||||||||
| * | CP042583 | 739,071 | 0 | C | G | 99.7% | 860.4 / NA | 363 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (197/165); total (197/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
ACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTAGCGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATAAGCGGTGCCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTGGTATTGTGGAGAAAGAAGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTAGCGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACAGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCG > CP042583/738790‑739350 ||| taagaATATAAGACTAATAACACCATCTTCACCGTTTCGGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCTACCGGATTGTTTGTATTGGCGTATAAAAGAGATGTTTATTTGCTGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGACGCATTGTTGTCAGTGATATCGGGTGCCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTGGTATTGTGGAGAAAGAAGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTTCGGCTGCCGATGTCa < 2:3028877/286‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |