Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 739,387 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 739,387 | 0 | A | T | 100.0% | 868.7 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 739,388 | 0 | G | C | 99.7% | 860.1 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (173/187); total (174/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 739,389 | 0 | C | G | 99.7% | 857.9 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (173/186); total (174/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
CAGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAGCATTCTAAAAGAAATCGTTCATTTCCAGGTGGGAAGCATTAATTTAAGTACCAGTATCGGTGTAGCACATAGTAATGAATGTCCTACCGTCGAACGCTTGAAAATGCTGGCGGATGAGCGGCTGTATAAGAGTAAGAAAAACGGCAGGGCACAGATTAGCTGGCAGTAATCATTATTCGCAGGCCGGACAAATGATTTTGCCCGGCCTGAATTAATTAAACCCGGCTACCCCACAAATCGTACTCATCGGCGTGCTCGACTTTCACACGCAGGAT > CP042583/739107‑739663 ||| ctcggcgTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCTTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTa > 1:2418059/5‑289 (MQ=255) tcggcgTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTGTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTaa > 1:138793/4‑289 (MQ=255) ggcgTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAATCATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTaaaa > 2:1209758/2‑289 (MQ=255) ggcgTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAATCACAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTATCGATTCTaaaa > 1:1964471/2‑289 (MQ=255) 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