| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 743,942 | 6 bp→TCATCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 743,942 | 0 | A | T | 99.2% | 875.0 / ‑1.3 | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (158/203); minor base . (1/2); total (159/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 743,943 | 0 | G | C | 99.2% | 853.1 / ‑6.2 | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/202); minor base T (1/2); total (159/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 743,944 | 0 | T | A | 99.2% | 858.3 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base A (157/201); total (159/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 743,945 | 0 | A | T | 99.2% | 858.2 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base T (158/201); total (159/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 743,946 | 0 | G | C | 98.6% | 846.3 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base C (157/199); total (159/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 743,947 | 0 | C | G | 99.2% | 858.5 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base G (158/200); total (159/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
TTATTCCTTTTTGCCCCAACGGCATTCGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTAGTAGCGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATG > CP042583/743672‑744212 |||||| ccTTTTTGCCCCAACGGCATTCGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCg > 1:109647/1‑289 (MQ=255) tGCCCCAACGGCATTCGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGAt < 1:2929062/289‑1 (MQ=255) aaCGGCATTCGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGtt > 1:3194314/1‑289 (MQ=255) cGGCATTCGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGtttc < 1:1965313/289‑3 (MQ=255) ttCGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGtttcggtgg < 1:474626/289‑8 (MQ=255) ttCGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGtttcggtgg < 2:1866826/289‑8 (MQ=255) tCGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCa < 1:1445377/289‑1 (MQ=255) 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cactggagggcccGGGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAgg < 2:2204580/278‑1 (MQ=255) gaggggcCGAGGGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAGTGGATTACGCCGGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGGAATGCGGATGAGAAACTGGAGCCCGCGAGCCTGACTAAAAGCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACGCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGGTGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGa < 2:3093711/284‑1 (MQ=255) cGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCa < 1:2094344/289‑1 (MQ=255) cGAGCGTGGATGCGCGTGAATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCa < 1:2202989/289‑1 (MQ=255) gCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGt < 2:2846955/288‑1 (MQ=255) cgTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGAc > 1:692226/1‑288 (MQ=255) tGCATGGATTTTAATGGATTAGGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGc < 1:1765393/288‑1 (MQ=255) ggaaTGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGGGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGGGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAAGCATGACCAGCGATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGc < 2:1612451/285‑1 (MQ=255) tAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTgc > 2:365040/1‑286 (MQ=255) 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cGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGcc > 1:1776767/1‑289 (MQ=255) gTAAAGTGCTGGCAGAAGGAAAGGCGGGTGGGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCg < 2:2069398/288‑1 (MQ=255) cggggataaGGCAATTCGGAGGAGAAACTGGATACCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTCTGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAg < 2:605843/281‑1 (MQ=255) cTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAg < 2:2127997/288‑1 (MQ=255) gCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGa > 1:2230849/1‑245 (MQ=255) aGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGAATAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGgagtc < 1:2631007/288‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |