| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 744,068 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 744,069 | 0 | G | C | 99.7% | 897.0 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (171/203); minor base T (0/1); total (171/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 744,070 | 0 | T | A | 98.9% | 893.0 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (168/203); minor base C (3/1); total (171/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
AATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTAGTAGCGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCTTCAACAAAATTCGTCAGCCTAACCGTAACCGTCTGCTGTGGAGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGC > CP042583/743789‑744345 ||| ggggATGGGAAACTGGTTCCCGCGTGCCTGACTGAAAGCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAGGGACGATAAGATTAAACTCACCGATA‑TGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGC‑GTGGTTCATCGGTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTc < 2:1211923/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |