| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 744,575 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 744,576 | 0 | G | C | 99.7% | 681.8 / NA | 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (145/143); total (146/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 744,577 | 0 | T | A | 99.3% | 686.8 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (144/142); minor base C (1/1); total (145/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
AGCAGCAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTAGCGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGTCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGCAGGTGAAGCGGGCAGTGTGACCATACCGCGTGGGCAGCTGAAAAACCTGAAAGCGAGTTATACGTTAACGGAACCGCAGCTTACCGCACCGCTGAAAAAAGGTCAGGTTGTCGGGACCATTGATTTCCAGCTTAACGGTAAATCCATTGAGCAGCGTCCGCTGATCGTGATGGAAAATGTGGAAGAGGGCGGATTCTTTGGTCGGGTGTGGG‑ATTTCGTGATGATGAAATTCCATCAGTGGTTCGGCAGCTGGTTCTCTTAATCTTCTGATAACCGGATGGCGCGAAACGTCATC > CP042583/744296‑744856 ||| agcagcAATCTGAATGTTGATGGCATGAAGACAGGAACCACGGCAGGCGCGGGATATAATCTGGTTGCTTCGGCTACCCAGGGCGATATGCGTTTAATCTCCGTAGTGTTGGGGGCGAAAACCGACCGTATCCGTTTTAATGAGTCTGAGAAATTATTGACCTGGGGTTTCCGCTTCTTTGAAACCGTGACGCCAATTAAACCTGATGCCACCTTTGTGACTCAGCGCGGCTGGTTTGGTGATAAGAGCGAAGTGAATCTCGGGGCAGGTGAAGCGGGCTCAGTGACCa > 1:1108388/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |