| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 746,792 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 746,792 | 0 | A | T | 99.4% | 795.9 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (155/177); minor base G (2/0); total (157/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 746,793 | 0 | G | C | 99.4% | 791.5 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (155/177); minor base T (2/0); total (157/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 746,794 | 0 | C | G | 100.0% | 801.7 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (157/177); total (157/177) | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
TGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTAGTACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTAGCATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGAGCGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGT‑GGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGATCACCGCGCTGATGGCGAACGTGGCGCTGATTGCTCCGCTACTTGGTCCGCTGGTGGGCGCGGCGTGGATCCATGTGC > CP042583/746520‑747068 ||| cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCgg > 1:450092/1‑289 (MQ=255) cgcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCgg > 2:2615588/1‑289 (MQ=255) gcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCgg < 2:890433/288‑1 (MQ=255) cgATTATTATTGGCGAAAAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGa < 1:674258/289‑1 (MQ=255) attattGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAgtggt < 1:234525/289‑1 (MQ=255) attattGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAgtggt < 1:1379601/289‑1 (MQ=255) tGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAgtggtgt‑ggt < 2:619376/289‑1 (MQ=255) 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aTTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGT‑GGTTTATCGTCAc < 2:3099172/289‑1 (MQ=255) aTTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGT‑GGTTTATCGTCAc < 1:1176310/289‑1 (MQ=255) ttGCATGCAAAATAAATTAGGTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACTAATTTTCAGCCTATATGGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCGGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGT‑GGTTTATCGTCAcc < 2:1998352/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |