| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 747,422 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 747,422 | 0 | A | T | 99.0% | 737.8 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (144/163); minor base C (3/0); total (149/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,423 | 0 | G | C | 98.7% | 720.6 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base C (143/164); total (149/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,424 | 0 | C | G | 99.0% | 730.1 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (145/165); total (149/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑AGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCAGCCGCCGCACCGTAC‑GTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCAGTAGCCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747142‑747700 ||| gCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTTCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGggcg > 1:1718858/1‑289 (MQ=255) ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTTATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTTGCTGATTATTATGggccc > 1:1900947/1‑287 (MQ=255) ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGGCTG‑ACCTCGCGGCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGggcgg > 1:2762758/1‑289 (MQ=255) agaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGa < 1:2395370/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCCG‑TCGCCGATTATCCTCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCCATTTTCGGGGGGTTAATTTCGGGTAACTTTCTTGTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCCCCGTAC‑GTTCGCTGAATTTTTTGGGGGGGTGGCCGGATTATgtt > 2:1268489/1‑287 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGGGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGAt < 2:632180/288‑1 (MQ=255) aaactgtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GGTTATGGTTg > 1:2588814/10‑289 (MQ=255) tGAAAGATCTGCGTCGTGAAGATAAGCGTGTGCTGAAGACCGGCCGCTTTGTGGAGGAGGCGCTGGCGCTGTGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAG‑TCGTCGATTATCATCATAACCGGCGAGCAGTTGAGCTGCTATGAATATGGCTTGCTGAAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTGCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGt < 2:2501690/289‑1 (MQ=255) acagACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 1:845859/285‑1 (MQ=255) gACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACgg < 1:1582523/289‑1 (MQ=255) taAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGGCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGGAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCCAGTTCCCATTTTTGGGGCGGTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTTCGGTCGCCTG‑TTATTATGGGCGGCTGGCC‑GGTTATGAGTTGGCTATTGGGTGCTGCTGGGGGAAAgggtta > 2:212683/1‑284 (MQ=255) gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTTCTGTTAGCGCGTTTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGAGTATTATGGGGGGCTGGCC‑CGTTTTTGTTGGTTTATTGGTCGCTGCTGGGGGCACGGTTGTcctctgt > 2:845859/1‑282 (MQ=255) gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcg < 1:245467/288‑7 (MQ=255) gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCCTGGATCGCCCAGCTGCCGGAGT‑TCATCATTACCCGCGAGCAGGTGCGCAGCCATGAAAATGGGTTGCCGCAAATTCCCATTTTCGGGGCGTTAATCTCGGGGAAACTTTTCTTAGCGCG‑CTGTGCCGCCCGTCGCACCGTACGGTAG‑CGGGTTATTATTGGGTGCTGGCC‑GCCTATGAGTGGGCTAATTGTATGTGTCGCGGCAACgcggctctactgg > 2:2659782/1‑276 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTTCCTTTTTTCGGTGGGTTAATTGCGGGTAAATTGCTTGTAGCGCGGCTT‑ACCTCGCGCCGCACCGTCC‑GGTTGCTGATTTTTATGGGCCGCCGGGC‑GTTTACGATTGGTCGTTTTGTCGTTGCCGCGGCGAGGGtttgcgcatctc > 2:1031176/1‑278 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTg > 1:612497/1‑249 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCGGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGACGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTCTTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgc > 1:2694531/1‑281 (MQ=255) tGAAGAACTGCGCCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTATTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgcacg < 1:2814693/288‑11 (MQ=255) gaagaaCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgcacgcg < 1:2074368/289‑13 (MQ=255) aagaaCGGCCGTTTTGTGGGGGGGGCGCTGTCGCTGGGGTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgcacgcg < 2:2762758/288‑13 (MQ=255) gCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCTTGTATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGAt < 1:2143183/289‑1 (MQ=255) tttGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 1:12530/255‑1 (MQ=255) 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ggATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCt < 1:1695935/288‑1 (MQ=255) aTTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCttt < 1:2618598/288‑1 (MQ=255) ccGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAG‑TCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTG‑ACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCC‑GATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATctcatcgca > 2:1460805/1‑225 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |