| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 758,740 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 758,740 | 0 | A | T | 99.7% | 747.0 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 758,741 | 0 | G | C | 99.4% | 729.2 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (159/150); minor base T (1/1); total (161/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 758,742 | 0 | C | G | 100.0% | 752.2 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (161/153); total (161/153) | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |