Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 760,335 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 760,335 | 0 | A | T | 99.7% | 773.0 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (155/168); minor base C (1/0); total (156/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 760,336 | 0 | G | C | 98.8% | 748.9 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); major base C (153/165); minor base T (3/1); total (156/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 760,337 | 0 | C | G | 99.4% | 756.8 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (155/166); total (156/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
AATGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGAGCCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTAGTAGATTGCGGGAACTGGATCGCAGCATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGAGCCTTGATGATCTGGTG > CP042583/760055‑760616 ||| gTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGGTGTTATTATtcgtc > 1:1335290/1‑288 (MQ=255) atcttttcgtttAACGGCTGGAGGCGGGTGACGGTGTGGGGCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCgcgc < 2:3014037/280‑1 (MQ=255) tAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCAttc > 1:676092/1‑286 (MQ=255) tcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGCTCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTTCCCATGCCAtttcgt > 2:2175609/4‑285 (MQ=255) tcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtggct < 1:1242173/286‑1 (MQ=255) tcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtggct < 1:2985178/286‑1 (MQ=255) tcgaaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtgg < 1:2694744/284‑1 (MQ=255) gcgaaGCTGGTGACGGGGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCGGGTATGGTGGGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATtggct < 2:724120/286‑1 (MQ=255) gACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGTGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGGGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGa < 2:1137970/288‑1 (MQ=255) tgtgGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTTCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTTTTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGCGCTTCGGGCCGCgg > 2:609805/1‑289 (MQ=255) gCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATg < 1:609805/288‑1 (MQ=255) tGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGgcg < 1:51651/288‑1 (MQ=255) tGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTc < 1:2198582/289‑1 (MQ=255) tGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATct > 1:175035/1‑272 (MQ=255) ttATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACcgc > 1:1448408/1‑252 (MQ=255) tATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATtcg < 1:1511328/213‑1 (MQ=255) tATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATtcg > 2:1511328/1‑213 (MQ=255) tATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTg < 1:2495588/289‑1 (MQ=255) aTTGCGGGATGAGGGGAGGATGGGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGt < 2:1984724/289‑1 (MQ=255) 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cgcgatgacgggatgaTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACcgcg < 2:2720635/247‑1 (MQ=255) cgcgatgacgcgatgaTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACg > 1:1637522/1‑288 (MQ=255) cgatgacgcgatgaTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCCTTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCCCCATCCGGCTGGCTCATGTCGCCTTTTGTACGGCt > 2:190424/1‑289 (MQ=255) cgatgacgcgatgaTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCt > 1:1308278/1‑289 (MQ=255) atgacgcgatgaTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTa > 2:1411622/1‑289 (MQ=255) tGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACCGCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTAt < 1:1764432/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |