| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 760,458 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 760,458 | 0 | A | T | 100.0% | 796.4 / NA | 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (168/162); total (168/162) | |||||||||||
| * | CP042583 | 760,459 | 0 | G | C | 99.1% | 778.8 / NA | 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (166/159); minor base A (0/3); total (168/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 760,460 | 0 | T | A | 99.7% | 783.0 / NA | 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (167/160); total (168/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
AGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGAGCCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTAGTAGATTGCGGGAACTGGATCGCAGCATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGAGCCTTGATGATCTGGTGATCGCCAGCTTTGTTTCCGGGCCGGGAGCCACCACGTTACCGATGCTGGTCTTTTCCAGCGTGCGGATGGGGGTGAATCCGGAAATCAACGCCCTGGCAACATTGATCCTCGGCGCGGTCGG > CP042583/760179‑760738 ||| aGTCTTACGACTTCGGCCGGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCATCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGGGCGCTTTGGCAGGTGTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCTGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGc < 2:1443365/289‑1 (MQ=255)aGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGc < 1:1023636/289‑1 (MQ=255) gTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGc < 1:2387935/288‑1 (MQ=255) aCAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGc > 2:1169309/1‑283 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |