| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 760,482 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 760,482 | 0 | A | T | 99.0% | 696.5 / ‑5.9 | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (151/144); minor base G (2/1); total (153/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 760,483 | 0 | G | C | 99.7% | 698.2 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (153/144); total (153/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 760,484 | 0 | C | G | 100.0% | 705.6 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (153/145); total (153/145) | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
GACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGAGCCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTAGTAGATTGCGGGAACTGGATCGCAGCATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGAGCCTTGATGATCTGGTGATCGCCAGCTTTGTTTCCGGGCCGGGAGCCACCACGTTACCGATGCTGGTCTTTTCCAGCGTGCGGATGGGGGTGAATCCGGAAATCAACGCCCTGGCAACATTGATCCTCGGCGCGGTCGGAATTGTCGGATTTATCGCCTGGT > CP042583/760205‑760761 ||| gACGGCGGGGGGGATCCTCGGAGGTATTGCGGCGGTGGGGTTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATagaaga < 2:1891153/288‑1 (MQ=255) gcggcggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCTCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGGCC‑GCGGTATGGTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCGTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTACGGGAACTGGATTGCTCGATTGAAGAagcag > 1:938253/1‑289 (MQ=255) cggcggcgATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTAATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAagcag < 1:1997294/288‑1 (MQ=255) tATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGGCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATGCTGGTGCGAc > 1:2781355/1‑288 (MQ=255) gcggTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGa > 1:107369/1‑289 (MQ=255) gcgcTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATTGATCTCGGTGCGACGCCGCTGCACGTGTTTTTCGTc > 2:2111546/1‑289 (MQ=255) gcgcTTTGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGttttt > 2:2007573/1‑285 (MQ=255) tttGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCa < 1:345389/286‑1 (MQ=255) tttGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCAtt > 1:2786071/1‑288 (MQ=255) tGGCGGGTTTCGCGGATAAATTGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAAGGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTGCGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACg < 2:2705162/289‑1 (MQ=255) tGGCAGGTTTGCCGGGTCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGGGCCGCTGGTAAGGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACg < 2:103393/289‑1 (MQ=255) tGGCAGGTTTGACGGATCAAATTGCTTTGCCTTTATTATCACCGCGCTGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGTTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTTGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTAGTTATTTCTTCAAGATTGCGTGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCTACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACg < 2:1950540/289‑1 (MQ=255) tGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGTCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACg < 1:310955/289‑1 (MQ=255) tGGCAGGTTTCGCGGATCAAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTCATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCCCCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGAGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACg < 1:1466972/289‑1 (MQ=255) catgTTTGGCGGATCAAATGGCTTTGCCGTTATGGTCACCGCGCCGCTGTTATGGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCGGGTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATGGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCt < 2:237005/285‑1 (MQ=255) tggcggatcaaaTGGCTTTGCCTTTATGATGACCTCGCTGCTGGTAATGCCAGATGTCATCGCGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCGTTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATGGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCgatg < 2:54692/279‑1 (MQ=255) cggatcaaaTGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATTGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAACGGGGTTTTCGTCATTACGCTACCgtgta > 2:2475385/8‑283 (MQ=255) ttaaaTGGGTTTTGCTTTAGGGTTCCCGGGCCGTTGGGAATGCCAGGTGTTATCACGGGTTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATg < 2:1308278/285‑1 (MQ=255) gcctgggCCTTTGTGCTCACCGCGCGGCGTGTAGTGCAGGCTGTAGTCGCTGGCTTGTCGGTGTTGTGATTATTCTGCAGGCGTGCTCATGCGTTTGGCTGGCCTGCGGACC‑GTGGTAGGTTCGCCATCTGGTTGGTGCATTTCTCTTTTTGGACGGCTTATGTGGCGGTCGTCAGTTCTTCAAGGTGGCGGGAACTGGATCGCGCGATAGAAGAAGCAGCGATGGGTCGCGGTGGGGCGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCcgcg < 2:1581599/282‑1 (MQ=255) 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aTGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTctggct < 1:2111546/289‑1 (MQ=255) cACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCCTGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGTAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGGGAGGCCGGTGAAAGTGTTGTTCGTCATTACGCTATCGATGATAATGTCCGAGATCACTCATGGCTGGttt > 2:2855216/1‑288 (MQ=255) cACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTTCGACGCCGCTGAAAGTGTTGTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATCACCGCGATCAtttactggtggt > 2:859533/1‑278 (MQ=255) 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tGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTgtcgcttg < 1:47006/287‑8 (MQ=255) gttcttccggggCTTGTGCCTGTGGTTTTTTTTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCGGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGAATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGTCGCTtgat < 2:62389/280‑1 (MQ=255) atcaCGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTAc < 2:3122784/221‑1 (MQ=255) 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tcgCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGTCGCTTGATGATCTGGTGATCGCCAGCTTTGTTTccgggccggg > 1:126432/1‑289 (MQ=255) tcgCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGAACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGTCGCTTGATGATCTGGTGATCGCCAGCTTTGTTTccgggccggg > 1:2635551/1‑289 (MQ=255) tccgcTTTGTCATGCCATTGGCTGCCACTCGGACCTGCAG‑ATTCTCACCATCGGGCGGGCTCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTTCAAGATTGCGGGGACTGGATCGCTCGATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGTCGCTTGATGATCTGGTGATCGCCAGCTTTGTTTCCGGGCCGGGa < 2:2124661/287‑1 (MQ=255) 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GACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGCGGAAGTAATGGCTTTGCCTTTATGATCACCGCGCCGCTGGTAATGCCAGATGTCATCACGGGCTTGAGCCTGTTGTTATTATTCGTCGCGCTTGCTCATGCCATTGGCTGGCCTGCGGACC‑GCGGTATGCTCACCATCTGGCTGGCGCATGTCACTTTTTGTACGGCTTATGTGGCGGTCGTTATTTCTAGTAGATTGCGGGAACTGGATCGCAGCATAGAAGAAGCAGCGATGGATCTCGGTGCGACGCCGCTGAAAGTGTTTTTCGTCATTACGCTACCGATGATCATGCCCGCGATCATTTCTGGCTGGTTACTGGCTTTTACTTTGAGCCTTGATGATCTGGTGATCGCCAGCTTTGTTTCCGGGCCGGGAGCCACCACGTTACCGATGCTGGTCTTTTCCAGCGTGCGGATGGGGGTGAATCCGGAAATCAACGCCCTGGCAACATTGATCCTCGGCGCGGTCGGAATTGTCGGATTTATCGCCTGGT > CP042583/760205‑760761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |