Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 762,231 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 762,231 | 0 | A | T | 99.7% | 830.7 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (169/177); minor base G (0/1); total (169/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 762,232 | 0 | G | C | 99.4% | 817.9 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (169/175); minor base A (0/2); total (169/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 762,233 | 0 | T | A | 99.1% | 825.5 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (167/177); minor base C (2/1); total (169/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
GGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCAAGTGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGAGTGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATT‑GGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCAGTACGATGGCACCGCGTTTTATCATCTACTCCAGCTGTAACGCCCAAACTATGGCGAAAGATATCCGCGAACTGCCTGGGTTTCGTATTGAACGGGTGCAGCTTTTCGATATGTTCCCGCATACCGCGCACTAT > CP042583/761957‑762509 ||| ggAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACTGTCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGACATCGCCTGTCCAAACAAGTCCGCCGCTGAACTg > 2:2382081/1‑289 (MQ=255) ggAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTg > 2:576217/1‑289 (MQ=255) gAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTc < 1:2544231/289‑1 (MQ=255) gAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTc < 1:1217973/289‑1 (MQ=255) aacaaccgccccggCGGAGCTTTTCAGTGCCGTACCTCTGTGGAGCCGCCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTACTCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAg < 2:503944/277‑1 (MQ=255) cACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCt < 1:2828168/286‑1 (MQ=255) aaCTGGCGAAGCGTTTTAATTACGGACGAGTGTGCATCCGGCCGGAAAGGCTCTTCCAGACTATTCCGACGGTAGCCAGCCAGTTCTACGCCGCCGCGCGCGACTGGGTACGACGGCGGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGGTCTACGGTGTGGGGCGATGTGGTTTACACTGCGGGACGCCTAACATGCAGTTAACCGGGATCGGAATTGCATGAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTAAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCt < 2:1301725/285‑1 (MQ=255) cGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGt > 2:200504/1‑289 (MQ=255) aCGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCa < 2:1072041/285‑1 (MQ=255) gTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCCGAACTGGGCTTCACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACGCCACTCAGTTTTCCACCGcc > 2:1810389/1‑287 (MQ=255) tACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCCGTCAGCCGCTGCACTGGGCTTAACGCGTTTGCCATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCATTTTGCCAccctcc > 2:2991557/1‑284 (MQ=255) gtccgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCa > 1:962586/1‑267 (MQ=255) ccgCAAAGTTTCTTCCCGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGTTCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAg < 2:2332377/288‑1 (MQ=255) acgCAAAGTTTCTTCCAGACTAAGCCGGCGGGCGCCAGGCGGTTGTACGCCACCGCGGACGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAgc < 2:2863356/288‑1 (MQ=255) aCTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGACACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAATATAAGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTCGTTTACACAGCGCGAGGCTTGACATGCAGTTAACCGGGAGCGAAATTTCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCCAATCCGTCCGACACCGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTGCCGGCGTTGGACCCCACTACGTTTGCCACACGTACGGGGGATGGGCTGGAGTGGTTGCGGGTTagacgc > 2:1719591/1‑283 (MQ=255) aTCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCcgccgc > 2:1694865/1‑288 (MQ=255) 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cGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATT‑GGTAAACCGCtgtgt > 1:3158897/1‑289 (MQ=255) ccGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCa > 1:467456/1‑213 (MQ=255) ccGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCa < 2:467456/213‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |