| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 466,118 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 466,118 | 0 | G | C | 100.0% | 741.4 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (151/157); total (151/157) | |||||||||||
| * | CP042583 | 466,119 | 0 | C | G | 99.4% | 727.3 / ‑3.3 | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (149/155); minor base A (1/1); total (151/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 466,120 | 0 | T | A | 99.0% | 728.3 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base A (148/156); total (151/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
AAACATAGGCTACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGGCTTTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGGCTCCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTACTGAGTTCAATGACGTTATTGTTGCACGCGAAGGCGGCCAGGTAGTTTTTCGGAAGGGTAAACGTAGCATGGTTATTGACGCTTACCTCTACCTCTTTTTCGGTCAGGATCACCACGCAAGGTTCACTGCTGCTCAATTGCATTTCGCACTCCTCAGATATCAGAAACTCCGCTCAAAGGA > CP042583/465840‑466398 ||| aaaCATAGCGAACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCt > 1:635872/1‑289 (MQ=255) catagcgaaCTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTa < 1:403443/281‑1 (MQ=255) tagcgaaCTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTaca < 2:2302154/283‑1 (MQ=255) agcgaaCTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTacac < 1:3140322/284‑1 (MQ=255) agcgaaCTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTacac < 1:930518/284‑1 (MQ=255) agcgaaCTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTaca > 2:1254685/6‑288 (MQ=255) tCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGGTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGCCTTAACACCGGTTAAGTCCTTAtgt > 2:500841/1‑287 (MQ=255) 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gATATACATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGttgagagt > 1:1100486/1‑282 (MQ=255) aCATCATTATGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTTCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAAACGGGGTTGCCAGCCGCTACCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGATAATCGTTGATGATGTTACGGTTGATGTGGGTGATTAATACGTGATTTAACGTTGAGAGTTCAAt < 1:2539994/289‑1 (MQ=255) aCATCAGTAGGGCAATAAACCGCGATTGCTCAAGAAAGTTAGACAATACGGTAAAAAGCAATGCGCG‑CGTCAACTCCGCTTCGCAGGGTCTGCTGGGTTGCTGCTTGCTGTGGTTGGCGGCTAGCCGGAACA‑‑‑CTTCCGGTGTACGGCTATGACAAGCGATAACCGGGGTTGCCAGCCGCGACCAGGGCTTTACACAGGTTAAGTTCTTATTTAAAAACAACAGa < 1:499155/224‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |