Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 784,564 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 784,564 | 0 | A | T | 99.5% | 882.6 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 784,565 | 0 | G | C | 100.0% | 869.9 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (185/183); total (185/183) | |||||||||||
* | CP042583 | 784,566 | 0 | C | G | 100.0% | 874.6 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (185/183); total (185/183) |
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
CACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGAGCATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGAGCTGGCTTAACTCCATTACTGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAGCGCCGAGGCGGAACAGCAACTCACGCGTTTACTTAGTCTGCGCCACGGAAAGAAGGATTTCTTTACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTAGCCTGGTGGTG > CP042583/784286‑784845 ||| ccTGCCGTCTCGCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCTCGAGTCATTGGTGTGGCGGCAGAAAAACGGTCGATGTTTGGTa > 2:1633020/1‑289 (MQ=255) 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attattTTAATGTCTATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACt < 1:3053066/288‑1 (MQ=255) attattTTAATGTCGATGGCATGACCTTACGTCAAGGAAACCACTTTAATCAGGAGCAGCTGACCGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACt < 2:1999114/288‑1 (MQ=255) ttATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACCCCTTTAATCAGGGGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTACTGTCAgg < 2:543010/288‑1 (MQ=255) tATGGCATGACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTACTGTCAggg > 1:1765125/1‑289 (MQ=255) gACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGtgctg < 2:1106459/205‑1 (MQ=255) gACCTTCAGTGAAGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTgg < 1:172485/214‑1 (MQ=255) 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aGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTACTGTCAGGGTGAAAGAAGGa < 1:1121277/280‑1 (MQ=255) aGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTACTGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAgc > 2:3085732/1‑289 (MQ=255) aGGAAACACCTTTAATCAGGAGCAGCTGAACGGTCGTGCGCAGGTCGTGGTTCTCGACAGTAATACTCGCCGCCAGCTTTTCCCCCATAAAGCAGATGTGGTTGGCGAGGTGATTCTGGTCGGCAATATGCCCGCCAGAGTCATTGGTGTGGCGGAAGAAAAACAGTCGATGTTTGGTAGCAGTAAAGTGCTGCGTGTCTGGCTACCTTACAGCACGATGTCCGGGCGAGTTATGGGCCAGTCGTGGCTTAACTCCATTACTGTCAGGGTGAAAGAAGGATTTGACAgc > 1:232675/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |