| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 796,256 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 796,256 | 0 | A | T | 100.0% | 990.6 / NA | 411 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 796,257 | 0 | G | C | 100.0% | 985.9 / NA | 411 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (199/212); total (199/212) | |||||||||||
| * | CP042583 | 796,258 | 0 | C | G | 99.5% | 988.9 / NA | 411 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (198/211); minor base T (1/1); total (199/212) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
GCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTT > CP042583/795977‑796537 ||| aaCAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTggtcgcaaa < 2:2575349/289‑8 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |