Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 797,267 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 797,267 | 0 | A | T | 100.0% | 862.9 / NA | 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (175/187); total (175/187) | |||||||||||
* | CP042583 | 797,268 | 0 | G | C | 99.7% | 862.5 / NA | 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (174/187); minor base T (1/0); total (175/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 797,269 | 0 | T | A | 99.7% | 866.6 / NA | 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (175/186); minor base C (0/1); total (175/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
CGTCCTATTTAGCGGCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGAGTCAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCGTATTATGCACCTGCAGCTGAACAACCTGCGCAACAGCCGTATTATGCCCCTGCGCCAGAACAACCGGTGGCAGGTAACGCCTGGCAAGCCGAAGAGCAGCAATCCACTTTTGCTCCACAGTCTACATACCAGACTGAGCAAACTTATCAGCAGCCAGCCGCTCAGGAGCCGTTGTACCAACAGCCGCAACCCGTTGAACAGCAGCCTGT > CP042583/796990‑797544 ||| cgTCCTATTTTCGGGCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATgcg < 1:544719/289‑1 (MQ=255) gTCCTATTTTCGGGCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATgcg > 1:2010634/1‑288 (MQ=255) ttttcgggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTg < 1:1012193/283‑1 (MQ=255) ttttcgggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTg < 1:1214178/283‑1 (MQ=255) ttttcgggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTg < 1:2614393/283‑1 (MQ=255) ttttcgggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTg < 2:118635/283‑1 (MQ=255) ttttcgggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTg < 1:1808215/283‑1 (MQ=255) 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tattaAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCa < 1:2779606/247‑1 (MQ=255) taAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCGta < 1:1300312/289‑1 (MQ=255) aaCGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGca < 2:2897223/260‑1 (MQ=255) 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cgcCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCGTATTATGCa > 1:2181434/1‑287 (MQ=255) gcCAATTACCGAGCCTGACGTTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGAGACACAAAGCTGGGCAGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCTCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCGTATTATGCAcc < 1:160534/288‑1 (MQ=255) cgacacTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACAACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGTCTGTTGAACCTGTGACGCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCGTATTATGCACCTGCAGCTGaa < 2:2918039/284‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |