Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 799,205 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 799,205 | 0 | A | T | 99.5% | 932.3 / NA | 392 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (191/197); minor base C (1/1); total (194/198) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,206 | 0 | G | C | 99.2% | 924.5 / NA | 392 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (191/197); total (194/198) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,207 | 0 | C | G | 99.7% | 931.4 / NA | 392 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (193/197); minor base T (1/0); total (194/198) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 392 total aligned reads displayed.
GAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTAGCGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGCGCTGCGCTGGTGTGTTAACGAGATGGAGCGTCGGTATAAACTGATGTCTGCGCTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAAT > CP042583/798926‑799484 ||| gAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATg > 1:2890784/1‑289 (MQ=255) tACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAgg < 1:2769261/289‑1 (MQ=255) tACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAg < 2:899918/288‑1 (MQ=255) aCCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGc > 2:1253360/1‑289 (MQ=255) 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cGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATgccgcc > 1:1603392/1‑289 (MQ=255) cGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATgccgcc > 1:1756572/1‑289 (MQ=255) aTTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAAcgcg < 2:550961/289‑1 (MQ=255) aTTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAAcgcg < 2:2890784/289‑1 (MQ=255) aTTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAAcgcg < 1:1844634/289‑1 (MQ=255) gcgATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCAt < 2:2083120/239‑1 (MQ=255) cgtcgccATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCaa < 1:1641903/266‑1 (MQ=255) cgtcgccATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCaa > 2:1641903/6‑271 (MQ=255) ggtgCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCTTGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGCGCTGCGCTGGTGTGTTAACGAGATGGAGCg > 1:1246016/1‑288 (MQ=255) 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tCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCa < 1:2561566/237‑1 (MQ=255) tCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGcgctgcgctg > 2:2500101/1‑250 (MQ=255) tCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGcgctgcgctg < 1:2500101/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |