| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 799,706 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 799,706 | 0 | A | T | 99.7% | 801.2 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 799,707 | 0 | G | C | 99.7% | 794.1 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (173/159); total (174/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 799,708 | 0 | T | A | 99.4% | 800.1 / NA | 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (173/158); minor base C (1/1); total (174/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
CAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACAT‑TGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCAAGCGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACAGTCGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAAAGTCTGCTGGGTATGGGGGATATGCTCTACTCTGGGCCGAACTCCACGTTGCCGGTACGTGTCCATGGTGCTTTTGTTCGCGATCAGGAAGTTCATGCCGTGGTGCAGGACTGGAAAGCGCGTGGTCGCCCACAGTATGTTGATGGCATCACCTCCGACAGCGAAAGCGAAGGTGGTGCGGGTGGTTTCGATGGCGCTGAAGAACTGGATCCGTTGTTCGATCAGGCGGTGCAGTTTGTCACTGAAAAACGCAAAGCGAGTATTTCTGGCGTACAGCGTCAG > CP042583/799433‑799987 ||| cAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACAT‑TGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCCCGGAATCAATGCGGGGTATgg > 2:94764/1‑289 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |