| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 801,680 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 801,680 | 0 | A | T | 99.7% | 761.2 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 801,681 | 0 | G | C | 100.0% | 756.5 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (144/177); total (144/177) | |||||||||||
| * | CP042583 | 801,682 | 0 | C | G | 100.0% | 770.1 / NA | 321 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (144/177); total (144/177) | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
GCAAGTACTAACTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGAGCGTACGTGGTAGCGCACCCGATGCGGCGCTGTACTGGTATGCGCGAATTATTACCGCTGGTGGCGATCCGTTATATGTCGCGCGTCGCTGTCTGGCGATTGCGTCTGAAGACGTCGGTAATGCCGATCCACGGGCGATGCAGGTGGCAATTGCGGCCTGGGATTGCTTTACTCGCGTTGGCCCGGCGGAAGGTGAACGCGCCATTGCTCAGGCGATTGTTTACCTGGCCTGCGCGCCAAAAAGCAACGCTGTCTACACTGCGTTTAAAGCCGCGCTGGC > CP042583/801400‑801960 ||| aaGTACTAACTCAGGCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGt < 1:1618798/287‑1 (MQ=255) 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ggCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGAATAAGTCGGTACGGTGTAGCCGACCCggt > 2:2739733/1‑287 (MQ=255) gCGATGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCAACCGAt > 1:602576/1‑288 (MQ=255) tGGAAGACAAAACCCGTGGCTATGGTGGTCAGGATATTGTTCTGCCAGATGAAACACGACGCGCCATTGCTGAACTGGTGAATGGCGACGCGCGCCGGGCGTTAAATACGCTGGAAATGATGGCGGATATGGCCGAAGTCGATGATAGCGGTAAGCGGGTCCTGAAGCCTGAATTACTGACCGAAATCGCCGGTGAACGTAGCGCCCGCTTTGATAACAAAGGCGATCGCTTTTACGATCTGATTTCCGCACTGCATAAGTCGGTACGTGGTAGCGCACCCGATgcgg < 2:880715/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |