Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 470,471 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 470,471 | 0 | G | C | 99.4% | 758.9 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 470,472 | 0 | C | G | 100.0% | 774.3 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (163/162); total (163/162) | |||||||||||
* | CP042583 | 470,473 | 0 | T | A | 100.0% | 783.9 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (163/162); total (163/162) |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
TCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGACTTTGCATGCTAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCACTACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGATGCGGCACATATTGCCGCCAGATTTCACCGGCCTGCTGTTCCGTGAGCCACTGATGCTGAACCGCATTGTACAACATTGCCCGCGGA > CP042583/470195‑470741 ||| tCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTTCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTGTAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTTTAAt > 2:2248366/1‑289 (MQ=255) tCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAAt > 1:874677/1‑289 (MQ=255) cAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAAt > 1:1293680/1‑288 (MQ=255) aaTTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTc > 2:2064561/1‑288 (MQ=255) 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aataaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGcc > 1:1674883/1‑289 (MQ=255) aaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAg < 2:1674883/289‑1 (MQ=255) cAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCg > 1:2952091/1‑285 (MQ=255) 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tGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCTGAACGATTAATATGAc < 2:2636089/288‑1 (MQ=255) cTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTTTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCa < 2:1687694/227‑1 (MQ=255) cTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCa > 1:1687694/1‑227 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |