Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 810,249 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 810,249 | 0 | A | T | 100.0% | 780.0 / NA | 322 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (165/157); total (165/157) | |||||||||||
* | CP042583 | 810,250 | 0 | G | C | 99.7% | 764.7 / NA | 322 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (165/156); minor base A (0/1); total (165/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 810,251 | 0 | T | A | 99.4% | 765.6 / NA | 322 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (163/154); total (165/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
TGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTAGTTGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCAGCACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTAGCCTAATCAAAGAATATAGTGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAAC > CP042583/809979‑810526 ||| tttATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTg < 2:377361/286‑1 (MQ=255) ttCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATTTTTGCAcctta > 2:1891211/1‑285 (MQ=255) ttCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTa > 1:643093/1‑289 (MQ=255) aaTTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTca < 2:1086092/289‑1 (MQ=255) ttCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTa < 1:1727762/289‑1 (MQ=255) tgCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAg > 2:1697506/1‑289 (MQ=255) tGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGtt > 1:429699/1‑225 (MQ=255) 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ttCCGTACTCCTTATTTGCCTCGCATAATCCCTCGTTTTGCCGAGGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTCGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGTGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCg < 2:585493/289‑1 (MQ=255) ccGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGgctcg > 1:1640390/1‑262 (MQ=255) ccGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGgctcg < 2:1640390/265‑4 (MQ=255) 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cttATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTa > 1:3145874/1‑288 (MQ=255) tGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGAt > 2:2946798/1‑289 (MQ=255) ccGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGTTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCt < 2:713013/283‑1 (MQ=255) 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cATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAacac > 2:3075588/1‑289 (MQ=255) tCCCTCGTTTTCCCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGAt < 2:2413331/289‑1 (MQ=255) tCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGAt < 1:3075588/289‑1 (MQ=255) 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tttACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCt < 1:60366/209‑1 (MQ=255) aTGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTCTCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTCATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGATGGGCGGGGTCAGTTCCAGCATTAAACCGACGATGGGACCCGGACTg > 2:455007/1‑287 (MQ=255) gCCCCTTTAATTTTTGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGa < 2:1956433/282‑1 (MQ=255) 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tttGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCcgcg < 2:2247100/289‑1 (MQ=255) gCGAAGGATTTGTCTATGGCTTGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTgg < 2:1295711/288‑1 (MQ=255) gCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGAATGTTCAGGAAAAACAGTTGCGATGGTACAACATTGCGCTGATGTCTTTTATCACTGTCTGGGGTTTTGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTgg > 1:1295711/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |