| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 810,561 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 810,561 | 0 | A | T | 100.0% | 839.2 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (180/167); total (180/167) | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,562 | 0 | G | C | 99.7% | 824.1 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (180/166); minor base T (0/1); total (180/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,563 | 0 | T | A | 99.4% | 829.8 / ‑3.2 | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (179/164); minor base G (1/1); total (180/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
CTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCAGCACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTAGCCTAATCAAAGAATATAGTGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTAGTCGCGGTATGAAAAGCCTGAAAATCGTCGGTTCTGTG‑GCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGAGTCTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTAGTATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGG > CP042583/810283‑810835 ||| cTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTAt > 1:1679152/1‑289 (MQ=255) tATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGa > 1:467092/1‑289 (MQ=255) aaTTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGaaatcgctg > 2:585549/1‑283 (MQ=255) tCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAAtcgt < 2:1683958/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |