| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 812,289 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 812,290 | 0 | C | G | 99.7% | 784.3 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (157/173); total (158/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 812,291 | 0 | T | A | 99.7% | 782.8 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (158/171); minor base G (0/1); total (158/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
TTTCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTCAAAGCCCTGTTGGACGATATCGACAAGAGAGTCGTCAGTTGTGAGCTCGACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAAGCTTACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGAGCTGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAG > CP042583/812009‑812567 ||| tttCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTCAAAGCCCTGTTGGACGATATCGACAAGAGAGTCGTCAGTTGTGAGCTCGCCTTTAATATCAGGAGATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACACGGGCGGCATTGATTTTGCGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCAGCTACCATGGTCTGAATTTAGTCGAAAGCTGGTCGCAATCGTTCATAGAGTATAGAATCAGCTTCTGATAACGATACGCt > 2:1116615/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |