Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 820,649 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 820,649 | 0 | A | T | 99.7% | 815.0 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 820,650 | 0 | G | C | 100.0% | 810.2 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (184/157); total (184/157) | |||||||||||
* | CP042583 | 820,651 | 0 | C | G | 99.1% | 806.4 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (183/155); minor base T (1/2); total (184/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
GCTAATAATCCGAGAGATTCTTTTGTGTGATGCAAGCCACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGAGCGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCC‑‑GAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAGTTTGCTGCGGTACCGCTGAATATTCTCGGTGATAAAACCACCGCAGATTATGTTGATGCCGGTTACTGGGCGGCAAGTGCCATTAAAGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGT > CP042583/820370‑820927 ||| tgtgtgATGCAAGCCACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAagag < 1:1715049/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |