Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 821,432 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 821,432 | 0 | A | T | 100.0% | 957.4 / NA | 395 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 821,433 | 0 | G | C | 100.0% | 947.7 / NA | 395 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (208/187); total (208/187) | |||||||||||
* | CP042583 | 821,434 | 0 | C | G | 99.8% | 943.6 / NA | 395 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (207/187); minor base A (1/0); total (208/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
TGGCCTGACAATCGTCATCGTTCGTGAAGATTTGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGAGCATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATATGGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTAGCCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGA > CP042583/821155‑821710 ||| aTCGTCATCGTTCGTGAAGATTTGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATATGGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTcc < 1:1015261/289‑1 (MQ=255) aTCGTCATCGTTCGTGAAGATTTGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATATGGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTcc < 2:2642373/289‑1 (MQ=255) tcgttcgtGAAGATTTGCTGGGCAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATATGGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTg < 1:2441396/275‑1 (MQ=255) aGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTAAATGGCTGAAAGCGAACGGCGGTGTAGCTGAAATGGATAAAATCAATCAGCAAAAAGCAGAACTGCTATATGGGGTGATTGATAACAGCGATTTCTACCGCAATGACGTGGCGAAAGCTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGtt > 2:205729/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |