| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 821,904 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 821,904 | 0 | A | T | 100.0% | 701.8 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (159/131); total (159/131) | |||||||||||
| * | CP042583 | 821,905 | 0 | G | C | 100.0% | 688.0 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (159/131); total (159/131) | |||||||||||
| * | CP042583 | 821,906 | 0 | T | A | 99.3% | 696.3 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (157/131); minor base C (2/0); total (159/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
AATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTAGTGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATCACTTACCTGGAACAAGAAAATTATCCGCCGTTGCGTTTACAGGGCGGCTTTACTGGCGGC > CP042583/821642‑822185 ||| tgaacaacaACCAGCCTGTGGTGTTTTTATGTCTTTTGTAGGTAGTTGAGTTACTGGGTTCCCGGACATTATGTCCCATTGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAAAGCGTTTCTGACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGAAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGAGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTATGAGCGTTAGGGCTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTAACAGTAGcgg < 2:1622923/283‑1 (MQ=255) aTCCCCACACCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAAcgg < 1:3029148/289‑1 (MQ=255) ccccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAAcggcg < 1:1085537/289‑1 (MQ=255) tgGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTaa > 2:819295/1‑268 (MQ=255) 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aTGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGAACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGccc > 2:2621349/1‑262 (MQ=255) aCAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGt < 2:1737433/223‑1 (MQ=255) tCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTTCTGGCGGCATTAGCCCACGGCACAACAGTATTAACCACACTGCTGGATAGCGATGACGTGCACCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAAGGGTAAGCTACACGCTTTCAGCCGATCGTGCGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGGCCATTACACGCAGACTGTGACCAGCAGATGTTCCTCGGTAACGCCGGACAGGCACTGCGCCCGGTGgcagcaa > 2:1676744/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |